La struttura del DNA

La doppia elica del DNA, scoperta da Watson e Crick, è una struttura composta da filamenti antiparalleli e complementari. Questa forma permette il riconoscimento delle sequenze di DNA da parte delle proteine e gioca un ruolo essenziale in processi come la replicazione e la trascrizione. Le distorsioni e il superavvolgimento influenzano la stabilità e la funzionalità del DNA nelle cellule.

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Struttura e Caratteristiche della Doppia Elica del DNA

La doppia elica del DNA è la struttura secondaria di questa essenziale molecola biologica, scoperta da Watson e Crick nel 1953. È composta da due filamenti antiparalleli e complementari di acido nucleico avvolti l'uno attorno all'altro, formando una struttura a elica. I filamenti sono tenuti insieme da legami idrogeno tra coppie di basi azotate complementari: adenina (A) con timina (T) e citosina (C) con guanina (G). La doppia elica presenta due solchi di dimensioni diverse, il solco maggiore largo circa 22 ångström (Å) e il solco minore largo circa 12 Å, che sono fondamentali per il riconoscimento delle sequenze di DNA da parte delle proteine. La struttura è stabilizzata dall'impilamento idrofobico delle basi e dalla formazione di legami idrogeno. Ogni giro completo dell'elica, o passo, misura 34 Å (3,4 nm) con un diametro di circa 20 Å (2 nm), e contiene circa 10,5 coppie di basi, con le basi ruotate di circa 36° l'una rispetto all'altra.
Modello 3D di doppia elica del DNA con basi azotate colorate e legami, su sfondo neutro.

Codice dei Solchi e Riconoscimento delle Sequenze di DNA

I solchi della doppia elica del DNA giocano un ruolo cruciale nel riconoscimento delle sequenze da parte delle proteine regolatorie, che possono legarsi al DNA senza la necessità di aprire la doppia elica. Il codice dei solchi è determinato dalla disposizione spaziale di donatori e accettori di legami idrogeno, gruppi metilici e atomi di idrogeno non polari esposti dalle coppie di basi. Nel solco maggiore, il codice è sufficientemente dettagliato da permettere il riconoscimento di specifiche coppie di basi: AT (ADAM), GC (AADH), TA (MADA) e CG (HDAA), dove le lettere rappresentano la presenza di donatori (D), accettori (A), metilici (M) e idrogeni non polari (H). Nel solco minore, le informazioni sono meno specifiche, rendendo più difficile distinguere tra coppie di basi come GC e CG o AT e TA, poiché entrambe presentano lo stesso codice (AHA per AT e TA, ADA per GC e CG).

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1

Componenti filamenti DNA

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Due filamenti antiparalleli e complementari di acido nucleico, avvolti a elica.

2

Legami basi azotate DNA

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Adenina (A) con Timina (T), Citosina (C) con Guanina (G), uniti da legami idrogeno.

3

Dimensioni e struttura elica DNA

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Giro completo 34 Å, diametro circa 20 Å, 10,5 coppie basi per giro, basi ruotate di 36°.

4

Nel solco ______ del DNA, il codice permette di distinguere coppie di basi come AT (), GC (), TA () e CG ().

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maggiore ADAM AADH MADA HDAA

5

Nel solco ______ è più difficile differenziare tra coppie di basi come GC e CG o AT e TA, poiché hanno lo stesso codice (______ per AT e TA, ______ per GC e CG).

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minore AHA ADA

6

Forma B del DNA

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Conformazione prevalente in condizioni fisiologiche, solco maggiore ampio e solco minore stretto.

7

Forma A del DNA

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Si verifica in condizioni di disidratazione, struttura compatta, 11 coppie di basi per giro d'elica.

8

Strutture insolite del DNA

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Includono slipped structures, cruciform structures e triple helix DNA, rilevanti in malattie neurologiche e processi biologici come replicazione e trascrizione.

9

Le distorsioni della doppia elica del DNA, come ______, ______, ______, ______ e ______, influenzano la sua stabilità e la regolazione dell'accesso alle basi.

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twist roll tilt slide propeller twist

10

Nel DNA, l'angolo tra coppie di basi adiacenti, noto come ______, può variare da ______ a ______, influenzando la struttura della molecola.

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twist 28° 40°

11

Forme del DNA: lineare vs circolare

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Il DNA può essere lineare nei cromosomi eucariotici o circolare nei plasmidi batterici e nei mitocondri.

12

Linking number (Lk) nel DNA

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Lk è il numero totale di volte che i filamenti di DNA si avvolgono l'uno intorno all'altro; somma di twist e writhe.

13

Superavvolgimento negativo nel DNA

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Più comune nelle cellule, riduce il numero di avvolgimenti dell'elica e facilita la replicazione e la trascrizione.

Q&A

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